Видео дня
Ученый из Сиэтла восстановил удаленные последовательности генов коронавируса
Поиску истории происхождения коронавируса SARS-CoV-2, ставшего причиной почти 4 млн смертей в мире, в значительной степени мешала невозможность получить доступ к информации из Китая, где были зарегистрированы первые случаи COVID-19.
Как сообщает Карл Зиммер для The New York Times, недавно исследователю Джесси Блуму из Медицинского института Говарда Хьюза, Сиэтл, удалось найти удаленные из Google Cloud файлы, которые содержат 13 частичных генетических последовательностей, относящихся к самым ранним случаям COVID-19 в Ухане.
Это не является доказательством ни одной из многих теорий о возникновении SARS-CoV-2, включая утечку вируса из лаборатории в Ухане. Однако это подтверждение того, что коронавирус циркулировал еще до того, как произошла вспышка на рынке Хуанань.
Поиск вируса-предшественника
Для точного определения происхождения SARS-CoV-2 ученым необходимо найти вирус-предшественник, который впоследствии неоднократно мутировал. До этого времени самые ранние образцы были взяты преимущественно из случаев на рынке морепродуктов, поскольку предполагалось, что этот вид коронавируса впервые появился именно там в конце декабря 2019 года.
Однако более ранние случаи заболевания не имеют связи с рынком, что на довольно ранней стадии пандемии указывает на то, что SARS-CoV-2 появился в другом месте. С этими первыми генетическими последовательностями была одна странность. Обнаруженные на рынке случаи включают три мутации, которых в образцах вирусов, выявленных неделями позже за пределами рынка, нет.
Образцы, в которых нет этих мутаций, более точно соответствовали обнаруженным у подковообразных летучих мышей коронавирусам. Ученые имеют относительную уверенность в том, что SARS-CoV-2 каким-то образом возник от летучих мышей. Поэтому логичным является предположение, что у прародителя также этих мутаций не было.
Открытие Джесси Блума
Джесси Блум предполагает, что найденные им последовательности, вероятно, относятся к самым ранним образцам, поскольку не имеют выявленных в Хуанане мутаций. Эти новые данные могут свидетельствовать о том, что вирус циркулировал задолго до того, как он появился на рынке морепродуктов.
В своей статье, загруженной 22 июня в базу данных препринтов bioRxiv, Блум написал, что "этот факт предполагает, что последовательности из рынка, которые находятся в центре внимания геномной эпидемиологии в совместном отчете ВОЗ и Китая ... не репрезентативны для вирусов, которые циркулировали в Ухане в конце декабря 2019 года и начале января 2020 года".
По словам Зиммера, примерно год назад из онлайн-базы данных Sequence Read Archive пропала 241 генетическая последовательность от пациентов с коронавирусом. Блум заметил это, когда увидел электронную таблицу в исследовании, опубликованном в мае 2020 года в журнале PeerJ. В этой работе была перечислена 241 генетическая последовательность SARS-CoV-2 за период до конца марта 2020 года. Опубликованная работа была частью проекта Уханьского университета PRJNA612766, который был загружен в архив чтения последовательностей. При поиске в базе данных архива, который проводил Блум, сообщалось, что элементы не найдены.
Блум определил, что удаленные данные были собраны больницей Айсу Фу и Жэньминь Уханьского университета. Также можно предположить, что последовательности относятся к периоду начала пандемии и взяты из тестов амбулаторных больных с подозрением на COVID-19.
Блум отмечает несколько ограничений своего исследования. В первую очередь последовательности являются лишь частичными и не содержат информации, позволяющей указать точную дату или место сбора. Эти данные имеют решающее значение для отслеживания вируса до его происхождения.
Тем не менее Блум считает, что более глубокое изучение архивных данных от NIH и других организаций и объединение последовательностей воедино может помочь нарисовать более четкую картину как происхождения, так и раннего распространения SARS-CoV-2, и все это без необходимости проведения исследования непосредственно в Китае.
